雙氯芬酸鈉作為一種非甾體抗炎藥物，其副作用繼承了非甾體抗炎藥物的大多數不良反應。使用雙氯芬酸鈉之后可能導致胃腸道的不良反應，神經系統以及泌尿系統的不良病變，甚至還會導致肝功的變化。

雙氯芬酸鈉使用之后可以引發胃部不適、反酸、食欲減退，個別的甚至可以導致出血和胃穿孔。雙氯芬酸鈉還可以導致神經系統病變，比如嗜睡、頭痛、眩暈等癥狀。另外雙氯芬酸鈉還會導致泌尿系統病變，比如少尿、電解質紊亂、水腫。雙氯芬酸鈉較少的副作用可以體現在皮膚和肝功上面，可以導致肝功異常、皮疹形成。